Từ năm 1946 đến năm 1947, ông giữ chức vụ thứ trưởng các lực lượng vũ trang Liên Xô, kiêm tổng tư lệnh lực lượng hải quân.

Năm 1947, ông bị buộc rời khỏi vị trí công tác theo lệnh của Stalin, ông cũng như một số đô đốc hải quân khác, bị tòa án hải quân đưa ra xét xử. Kuznetsov bị cách chức và hạ cấp xuống chức vụ phó đô đốc, trong khi đó thì tất cả các đô đốc khác bị nhận bản án tù giam, với nhiều mức độ dài ngắn khác nhau.

Năm 1951, Stalin cho xóa bỏ tình trạng "đày ải" của Kuznetsov, một lần nữa lại nhấc ông lên chức vụ tổng chỉ huy lực lượng hải quân (bộ trưởng hải quân Liên Xô), nhưng lại không phục hồi quân hàm cho ông, sau khi Stalin mất vào năm 1953, thì quân hàm của ông mới được trao trả. Cũng trong năm đó, ông giữ chức vụ thứ trưởng thứ nhất, bộ quốc phòng Liên Xô. Đến năm 1955, Kuznetsov lên nắm chức vụ tổng tư lệnh các lực lượng hải quân. Cấp bậc của ông sau đó được đổi lại là Đô đốc hạm đội Liên Xô, và được tặng thưởng Ngôi sao Nguyên soái.